In seara zilei de 9 Iunie 1999, s-a incheiat un Acord militar şi tehnic intre NATO şi Republica Federală Iugoslavia. Consecvent acordului dintre guvernul iugoslav şi reprezentanţii speciali ai Uniunii Europene şi ai Rusiei, adoptat la 3 Iunie, Acordul militar şi tehnic stipula in special retragerea imediată din Kosovo a forţelor de securitate iugoslave.La 10 Iunie 1999, Secretarul General al NATO, Javier Solana, a putut anunţa suspendarea operaţiunilor aeriene impotriva Iugoslaviei. In aceeaşi zi, Consiliul de Securitate al Naţiunilor Unite a votat rezoluţia 1244, salutand acceptarea de către Iugoslavia a principiilor pentru o soluţie politică, incluzand incetarea imediată a violenţelor şi retragerea rapidă a forţelor iugoslave paramilitare, poliţieneşti şi militare. De asemenea, rezoluţia a anunţat stabilirea “prezenţelor de securitate şi civile internaţionale in Kosovo” pentru a opera sub auspiciile Naţiunilor Unite. Forţele din Kosovo aflate sub conducerea NATO (KFOR), create in scopul indeplinirii părţii referitoare la securitate a acestui mandat, au intrat in Kosovo pe 12 iunie şi pană la 20 iunie şi-au incheiat desfăşurarea de unităţi. Detaliile suplimentare asupra acestor evenimente sunt expuse in Capitolul 5. Ca o consecinţă a conflictului din Kosovo, cele mai urgente probleme aflate pe agenda Alianţei au fost: implementarea acordului de incetare a conflictului, restabilirea păcii, intoarcerea refugiaţilor şi protecţia populaţiei din Kosovo, indiferent de originea lor etnică. Venirea forţelor din ţările NATO, Rusia, Ucraina şi multe alte ţări non-NATO, pentru indeplinirea acestor obiective, s-a datorat in mare parte experienţei caştigate in urma desfăşurării neincetate a Forţelor de Stabilizare (SFOR) in Bosnia-Herţegovina. Multe din ţările implicate au constituit şi o parte activă a Parteneriatului NATO pentru Pace, factor care a contribuit semnificativ la rolul pe care aceste forţe multinaţionale l-au jucat in aşezarea bazelor viitoarei stabilităţi din regiune. In lunile următoare, influenţa conflictului din Kosovo avea să fie, de asemenea, observată in implementarea unui număr de iniţiative introduse la Summit-ul de la Washington in aprilie 1999 şi de decizii ulterioare luate de către Alianţă. In special, a impulsionat decizia stabilirii unei Identităţi Europene de Securitate şi Apărare şi construirii capacităţilor europene capabile să intervină in rezolvarea situaţiilor de criză şi de menţinere a păcii, in eventualitatea unui viitor conflict in care Alianţa, in intregul său, poate să nu fie implicată.